ردیابی اختصاصی Phytopthora inundata از طریق واکنش زنجیره‌ای پلیمراز ساده و تودرتو

گونة  Phytophthora inundataبه تازگی توصیف شده و به علت خصوصیات ریخت‌شناختی و حداکثر دمای رشد غیرعادی، شناسایی آن دشوار است. این گونه با سایر گونه‌های بیمارگر گیاهی جنس Phytophthoraکه بدون پاپیل و گرماپسند هستند، اشتباه می‌شود. در این بررسی برای شناسایی P. inundataشیوه‌ای براساس واکنش زنجیره‌ای پلیمراز ساده و تودرتو ابداع شد. بدین منظور مجموعه‌ای از جدایه‌ها مربوط به میزبان‌های مختلف که نمایندة تنوع موجود در توالی نواحی رمزگذار و فاقد رمزِ این گونه بودند، مورد بررسی قرار گرفت. براساس توالی‌های جداکنندة نسخه‌برداری شدة داخلی یک و دو و ژن 8/5 اس مربوط به دی‌اِن‌اِی ریبوزومی (آی‌تی‌اِس)، ژن پروتئین مقاوم به شوک حرارتی 90، ژن‌های پروتئین پیوستة تریوزفسفات ایزومراز/گلیسرآلدئید سه فسفات دی هیدروژناز و هم‌چنین ژن پروتئین 60 اس ریبوزومی ال 10، برای گونة مذکور ده عدد آغازگرِ واکنش زنجیره‌ای پلیمراز اختصاصی طراحی گردید. برای ایجاد بیشترین اختصاصیت و کارآیی، دمای جفت‌شدگی و زمان گسترش برای هر جفت آغازگر بهینه‌سازی گردید. برای ارزیابی آغازگرها از 28 گونة دیگر فیتوفتورا که از نظر ریخت‌شناختی و مولکولی تأیید شده بودند، استفاده شد. در اغلب موارد هیچ‌یک از مجموعه آغازگرها قادر به فزون‌سازی دی‌اِن‌اِی خالص‌سازی شده از گونه‌های Phytophthora غیرخودی نبودند. واکاوی‌ها نشان داد که بهترین نامزد برای شناسایی جدایه‌های P. inundata مجموعة ITS-I1 می‌باشد که از ترکیب آغازگرهای ITS-IF1 و ITS-IF2 تشکیل شده است. دمای جفت‌شدگی بهینه برای این مجموعه 69 درجة سانتی‌گراد و بهترین زمان گسترش 40 ثانیه می‌باشد. به نظر می‌رسد استفاده از واکنش زنجیره‌ای تودرتو با استفاده از مجموعة ITS-I1 به همراه آغازگرهای عمومی ITS4 و ITS6 به عنوان آغازگرهای خارجی حداقل 50 برابر حساس‌تر از روش سنتی است.